Udlån

Øvelsen går ud på at analysere fiskeproteiner ved brug af elektroforese (SDS-PAGE).

Analyse af fiskeproteiner (Bio-Rad 166-2700EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction Manual, 1 stk.
• Prot/Elect pipet tips for gel loading (pipettespidser)
• 1,5 ml EZ fliptop micro test tube (eppendorf-rør)
• 1,5 ml screwcap micro test tube (eppendorf-rør med skruelåg)
• Disposable 1 ml pipets (DPTPs) (engangspipetter)
• Laemmli sample buffer – 30 ml (biorad prøvebuffer), 1 stk.
• 10x Tris-glycine-SDS electrophoresis buffer – 1 L, 1 stk.
• Bio-Safe Coomassie Stain for proteins – 1 L, 1 stk.
• Gel staining trays (farvebakker)
• Floating microtube racks (flydende holder til eppendorf-rør)

Reagenser på frost (-20 grader)

• Kaleidoscope prestained standards – 500 μl, 1 stk.
• Actin and myosin standard – 500 μg lyophillizized, 1 stk.

Vær opmærksom på at der ikke følger geler med kittet! Da gelerne har kort holdbarhed, leverer vi dem ikke fra CFU. Geler købes direkte hos Bio-Rad (katalognr. 161-1122EDU)

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Mikropipetter 2-20 µL
• Pipettespidser 2-200 µL
• Strømforsyning
• 3 stk. lodrette elektroforesekar (mini protean)
• Vandbad
• Vippebord

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Fiskeproteiner

Øvelsen er en fortsættelse af øvelsen ”Analyse af fiskeproteiner”. Der laves en immunologisk analyse af proteinerne vha. western blotting.

Western Blotting (Bio-Rad 166-2800EDU)

Kittets indhold

• Indholdsfortegnelse
• Instruction manual
• Reagens tubes, 1 pose
• Nonfat dry milk blocker, 8 stk.
• Nitrocellulose and blotting filter paper

Reagenser på frost (-20 grader):

• HRP color reagent A, 10 ml
• HRP color reagent B, 0.6 ml
• Primary Antibody
• Secondary Antibody

OBS: Der følger ikke geler med kittet, og geler leveres ikke fra CFU, da deres holdbarhed er for kort. 

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• mikropipetter 2-20 µL
• pipettespidser 2-200 µL
• strømforsyning – maxi
• 4 stk. lodrette elektroforesekar (mini protean)
• vandbad
• vippebord

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Western blotting

I øvelsen skal eleverne finde den skyldige i en fiktiv forbrydelse. Dette foregår ved at sammenligne DNA fra fire mistænkte med DNA fra gerningsstedet vha. PCR. Efterfølgende gelelektroforese muliggør identifikation af karakteristiske alleler.

Gerningsstedets gåde (Bio-Rad 166-2600EDU)

Indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual
• PCR tubes, 0.2 ml, 1 pakke
• Capless PCR tube adaptors, 1.5 ml, 1 pakke
• 2.0 ml coloured flip-top microcentrifuge tubes, 1 pakke
• Foam floats

Reagenser på frost (-20 grader):

• Crime Scene DNA, 1 stk.
• Suspect A DNA , 1 stk.
• Suspect B DNA, 1 stk.
• Suspect C DNA, 1 stk.
• Suspect D DNA, 1 stk.
• PCR master mix, 1.2 ml, 1 stk.
• Crime Scene Investigator primers (blue), 25 μl, 1 stk.
• Crime Scene Investigator Allele Ladder, 200 μl, 1 stk.
• Orange G loading dye, 1 ml, 1 stk.

​Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Gel electrophoresis units – 4 stk.
• mikropipetter 2-20 µL
• 20-200 µL, 100-1000 µL
• aerosol barrier pipettespidser Xcluda B 2-20 µL og 20-200 µL
• mikrocentrifuge
• gen cycler
• strømforsyning

Eventuelt:

• Vandbad
• vippebord
• gel support film
• vortexer

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Gerningsstedets gåde

DNA fra fem mistænkte klippes med restriktionsenzymer, og ud fra efterfølgende gelelektroforese skal eleverne vurdere hvem der er gerningsmanden.

Find den skyldige/find skildpadden (Bio-Rad 166-0007EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction Manual, 1 stk.
• Crime Scene (CS) DNA with buffer lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• Suspect 1 (S1) DNA with buffer, lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• Suspect 2 (S2) DNA with buffer, lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• Suspect 3 (S3) DNA with buffer, lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• Suspect 4 (S4) DNA with buffer, lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• Suspect 5 (S5) DNA with buffer, lyophilized, 60 μg, 1 stk.
• DNA staining solution (500x), 1ml, 1 stk.
• TAE buffer (50 x), 100 ml, 1 stk.
• Agarose, 5 g, 1 stk.
• Microtubes, 1.5 ml, assorted colours:
• Clear, Green, Blue, Orange, Violet, Red, Yellow
• Foam test tube racks
• Gel staining trays

Reagenser på frost (-20 grader):

• Lambda HindIII DNA markers (0,2 μg/μl), 100 μl, 1 stk.
• EcoRI/PstI, restriction enzyme mix, lyophilized, 1800 units, 1 stk.

Reagenser på køl (4 grader):

• Sterile water, 2.5 ml, 1 stk.
• DNA sample loading dye, 1 stk.

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Gel electrophoresis units, 4 stk.
• mikropipetter 2-20 µL, 20-200 µL og 100-1000 µL
• pipettespidser 2-200 µL og 100-1000 µL
• strømforsyning

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Find den skyldige

Der kan laves tre forskellige ELISA-procedurer med kittet: ELISA til opsporing af sygdomsudbrud, analyse af antigen, test for antistoffer. Der anvendes indirekte antistof-ELISA.

ELISA (Bio-Rad 166-2400EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual
• 10x phosphate buffered saline (PBS), 1 flaske
• 10% Tween20, 1 flaske
• Disposable plastic transfer pipets
• Microplates with 12-well strips, 3 plader
• Plasticflasker med låg, 30 mL, 3 stk.
• Yellow micro test tubes, 2.0 ml, 1 pose
• Colored micro test tubes, 2.0 ml (green, blue, orange, violet and brown)

Reagenser på køl (4 grader):

• Antigen, chicken gamma globulin, lyophilized, 1 stk.
• Primary antibody, rabbit anti-chicken polyclonal antibody, lyophilized, 1 stk.
• Secondary antibody, goat anti-rabbit antibody conjugated to horseradish peroxidase (HRP), lyophilized, 1 stk.
• HRP enzyme substrate 3,3’,5,5’-tetramethyl benzidine (TMB), 1 flaske

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Fixed volume pipets, pipettespidser 2-200 µL

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning ELISA

DNA fra eleverne ekstraheres og udfældes, og der laves evt. et halssmykke.

DNA-ekstraktion  – lav et halssmykke med dit eget DNA (Bio-Rad 166-2300EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual, 1 stk.
• Genes in a Bottle Kit DNA Necklace Module, 2 stk.
• Lysis buffer, 150 ml, 1 stk.
• Powdered protease and salt, 1.5 g, 1 stk.
• 15 ml conical tubes, 50 stk.
• Clear micro test tubes, 2 poser
• Multicolor micro test tubes, 1 pose
• Disposable plastic transfer pipets
• Foam micro test tube holders

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning DNA-ekstraktion

Øvelsen demonstrerer hvordan en sygdom kan nedarves ifølge Mendels genetik. Den demonstrerer begreber som recessive og dominante gener samt kønsbestemt nedarvning. Der udføres gelelektroforese af 24 fiktive personer, og der analyseres hvordan sygdommen nedarves.

Arvelighed af sygdomme (NCBE)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Nature’s Dice Teacher’s guide, 1 stk.
• 1,5 microcentrifuge tubes
• 25 μl dispenser, 1 stk.
• Carbon fibre electrode tissue, 1 pakke
• Agarose, 2 g, 1 stk.
• Bromophenol blue loading dye, 1ml, 8 stk.
• Yellow tips (individually-wrapped)
• White graduated tips
• BamHI (in foil sachet), 48 tubes

Reagenser på frost (-20 grader):

• Plasmid mix 1, 1 stk.
• Plasmid mix 2, 1 stk.
• Plasmid mix 3, 1 stk.
• DNA ruler, 1 kb, 1 stk.

Reagenser på køl (4-5 grader):

• Azure A solution. Farve til DNA 1:1, 1 stk.
• TBE Buffer, 1 stk.

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Electrophoresis base unit (Vær opmærksom på at disse elektroforeseenheder anvender mere TBE-buffer end der følger med i kittet. Du skal selv sørge for at købe/fremstille mere)

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Arvelighed af sygdomme

Øvelsen tager udgangspunkt i elevernes eget DNA fra hårsæk eller kindskrab. Der undersøges om eleverne har en bestemt mutation i en intron i et gen på kromosom 16. Ved hjælp af PCR og gelelektroforese undersøges det om eleverne er homozygote med eller uden mutationen eller om de er heterozygote.

Kromosom 16 (Bio-Rad 166-2100EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction Manual, 1 stk.
• PCR tubes
• Screwcap tubes, 1.5 ml
• Micro test tubes, capless, 1.5 ml
• Micro test tubes, with attached caps, 1.5 ml
• Pipet tips, 20-200 μl, filter type
• Foam micro test tube holders
• Gel staining trays
• 50x TAE buffer, 100 ml, 1 stk.
• Agarose powder, 5 g, 1 stk.

Reagenser på frost (-20 grader):

• PV92 homozygous (+/+) control, 100 μl, 1 stk.
• PV92 homozygous (-/-) control, 100 μl, 1 stk.
• PV92 homozygous (+/-) control, 100 μl, 1 stk.
• PCR master mix (dNTPs, Tag DNA polymerase, buffer), 2x, 1.200 μl, 1 stk.
• Forward and reverse primer mix, 50x, 25 μl, 1 stk.
• EZ Load molecular mass ruler (DNA standard), 100 μl, 1 stk.

Reagenser på køl (4 grader):

• Fast blast DNA stain, 500x, 100 ml, 1 stk.
• InstaGene matrix, 20 ml, 1 stk.
• PV 92 XC loading dye, 5x, 1 ml, 1 stk.

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Gel electrophoresis units 4 stk.
• Mikropipetter 2-20 µL
• 20-200 µL og 100-1000 µL
• Aerosol barrier pipettespidser Xcluda B, D og E
• Mikrocentrifuge
• Gen cycler
• Strømforsyning

Eventuelt: 

• Vandbad
• Vippebord
• Gel support film
• Vortexer

Sikkerhedsdatablad

pv92-pcrkit_fra_bioradfeb2020

Øvelsen demonstrerer hvordan proteiner kan adskilles på basis af deres størrelse. Hæmoglobin (65 kD) og vitamin B12 (1,3 kD) adskilles.

Størrelseskromatografi (Bio-Rad 166-0008EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction Manual, 1 stk.
• Poly-Prep sizing columns
• Column end caps
• Column buffer, 50 ml, 1 stk.
• Pipettes (1 ml)
• Collection tubes
• Bio Gel P-60 columns with caps
• Empty chromatography columns
• Bio-Gel P-60 gel medium, 100 g, 1 stk.

Reagenser på køl (4 grader):

• Protein Mix Hemoglobin and Vitamin B12, 1 stk.

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning Størrelseskromatografi

I denne øvelse anvendes PCR og DNA-elektroforese til at undersøge om almindelige madvarer indeholder to GMO-associerede DNA-sekvenser, der er til stede i 85% af alle genmodificerede afgrøder.

Er der GMO i din mad? (Bio-Rad 166-2500EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual
• Disposable plastic transfer pipets (DPTPs), 2 pakker
• Flip top tubes, 1.5 ml, 2 poser
• Screwcap tubes, 1.5 ml, 1  pose
• PCR tubes, 0.2 ml, 1 pose
• Capless PCR tube adaptors, 1.5 ml, 1 pose
• Foam micro test tube holders

Reagenser på køl (4 grader):

• InstaGene matrix, 20 ml, 1 flaske
• Reagenser på frost (-20 grader):

• Master mix, 1.2 ml, 1 stk.
• GMO-positive control DNA, 0.5 ml, 1 stk.
• Orange G loading dye, 1 ml, 1 stk.
• PCR molecular weight ruler, 200 μl, 1 stk.
• Plant PSII primers (green), 15 μl, 1 stk.
• GMO primers (red), 15 μl, 1 stk.
• Bio-Rad Certified Non-GMO food control, 1 pakke

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Gel electrophoresis units 4 stk.
• Mikropipetter 2-20 µL og 20-200 µL
• Aerosol barrier pipettespidser Xcluda B 2-20 µL og Xcluda D 2-200 µL
• Mikrocentrifuge
• Gen cycler
• Strømforsyning
• Vandbad

Eventuelt:

• Vippebord

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning GMO i mad

Øvelsen går ud på at transformere bakterier med et gen, der koder for GFP (green fuorescent protein). Der demonstreres hvordan man via transformation kan overføre gener fra en organisme til en anden ved brug af et plasmid.

pGLO-transformation (Bio-Rad 166-0003EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual, 1 stk.
• E. ColiHB 101 K-12, lyophilized, 1 stk.
• Plasmid (pGLO), lyophilized, 20 μg, 1 stk.
• Ampicillin, lyophilized, 30 mg, 1 stk.
• L (+) Arabinose, lyophilized, 600 mg, 1 stk.
• Transformation solution (50 mM CaCl2, pH 6,1), sterile, 15 ml, 1 stk.
• LB nutrient broth, sterile, 10 ml, 1 stk.
• LB nutrient agar powder, sterile (to make 500 ml), 1 pose
• Pipets, sterile, individually wrapped
• Inoculation loops, sterile, 10 μl, packs of 10 loops
• Petri dishes, 60 mm, sterile bags of 20
• Microtubes, 2.0 ml (yellow, green, blue, orange, lavender, pink)
• Foam micro test tube holders

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning pGLO-transformation

Øvelsen går ud på at ekstrahere det fluorescerende protein GFP fra pGLO-transformationsprodukt, hvorefter det analyseres ved brug af elektroforese (SDS-PAGE). Kan bruges som suppleringskit til “pGLO-transformation”.

 Proteinelektroforese af GFP (Bio-Rad 166-0013EDU)

Kittets indhold

• Laemmli sample buffer, 30 mL
• 10x Tris-glycine-SDS electrolysis buffer, 1 L
• Bio-safe Coomassie stain for proteins, 100 mL

Reagenser på køl (+ 5 grader):

• Dithiothreitol (DTT) 0,3 g

Reagenser på frost (- 18 grader):

• Precision Plus Protein Kaleidoscope prestained standards, 50 µL

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning proteinelektroforese

Der arbejdes med oprensning af proteinet GFP vha. hydrofob interaktionskromatografi (HIC). Øvelsen giver indblik i de metoder, der anvendes til produktion og oprensning af proteiner til medicinsk brug.

Kromatografisk oprensning af GFP (Bio-Rad 166-0005EDU)

Kittets indhold

• Indholdsliste, 1 stk.
• Instruction manual, 1 stk.
• Arabinose-lyophilized, 1 stk.
• LB-broth tablet (to make 50 ml), 1 tablet
• Inoculation loops – packs of 10 loops
• Pipettes-sterile, individually wrapped
• Microtubes-2.0 ml, clear
• Culture tubes-15 ml, sterile (pack of 25), 1 stk.
• TE buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 8.0; sterile), 1 stk.
• Binding Buffer (4 NH4SO4/TE, pH 8,0), 1 stk.
• Column Equilibration Buffer (2 M NH4SO4/TE, pH 8,0), 1 stk.
• Column Wash Buffer (1,3 M NH4SO4/TE, pH 8,0), 1 stk.
• HIC chromatography columns, 8 stk.
• Column end caps, 1 pose
• Foam microtube rack

Reagenser på køl (+ 5 grader):

• Ampicillin-lyophilized, 1 stk.

Reagenser på frost (-20 grader):

• Lysozyme-lyophilized, 1 stk.

Øvrigt nødvendigt udstyr, der ikke er med i kittet, men som også kan lånes:

• Mikropipetter, 2-20 µL
• Pipettespidser, 2-200 µL
• Vandbad
• Vippebord

Sikkerhedsdatablad

Øvelsesvejledning GFP-oprensning